Milhares de anos após um misterioso fenômeno transformar a humanidade inteira em pedra, desperta um garoto extraordinariamente inteligente e motivado pela ciência - Senku Ishigami. Diante de um mundo de pedra e do colapso generalizado da civilização, Senku decide usar sua mente para reconstruir o mundo. Ao lado de Taiju Oki, seu amigo de infância absurdamente forte, eles começam a reestabelecer a civilização do zero... Representando os dois milhões de anos da história da ciência, desde a Idade da Pedra até os dias atuais, esta aventura científica sem precedentes está prestes a começar!
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Tudo começa com uma conversa de amigos na escola. Um garoto resolve confessar seus sentimentos à menina que ama, quando de repente se vê petrificado, junto com todos os demais humanos. Até que um dia, ele consegue sair da camada de pedra e encontra um amigo. Estarão eles preparados para tirar todos dos seus casulos de pedra?
Enquanto Senku e Taiju tentam salvar Yuzuriha, se encontram cercados por leões. É quando encontram mais alguém que pode ajudá-los...
Após conhecer o verdadeiro Shishio, Senku sabe que não pode confiar nele. Assim, junto de Taiju e Yuzuriha, ele pretende encontrar alguma forma de derrotá-lo.
Senku decide criar pólvora como forma de controlar Shishio. No entanto, ao tentar criar pólvora, a fumaça gerada tem uma resposta inesperada.
Shishio dá o golpe fatal em Senku, e tudo parece ter acabado. No entanto, Taiju sabe que seu amigo não é de desistir e que tem sempre um plano em mente
Para vencer Tsukasa, Senku decide encontrar as outras pessoas que habitam o mundo de pedra.
Após Senku conhecer Kohaku, ela o leva para sua aldeia. Lá ele encontra Chrome, o feiticeiro da aldeia.
Para conquistar o povo da aldeia, Senku planeja usar a ciência em benefício dos moradores.
Senku faz o que pode para conseguir mão-de-obra para construir seu Reino da Ciência. Enquanto isso, um homem misterioso aparece no vilarejo.
Gen se aproxima cada vez mais do grupo de Senku, mas segue a desconfiança que vá contar tudo para Tsukasa na primeira oportunidade.
Suika nunca mostrou o rosto por causa de um problema que poucos entendem. Mas Senku tem a solução.
Senku e companhia saem em busca do ingrediente definitivo para produzir o antibiótico a base de sulfa. No entanto, a última matéria prima se mostra um desafio mortal para nossos heróis.
A Grande Luta vai começar, e todos bolam uma estratégia para cansar Magma. No entanto, o sorteio não dá o resultado esperado à nossos heróis.
Após a série de truques de Magma para chegar à partida final, o Chrome revela um truque próprio! Com uma pequena ajuda extra da Gen, o Chrome pode conseguir!
Após a improvável vitória de Senku, casamento rápido e divórcio ainda mais precipitado, o reino da ciência está de volta ao trabalho para finalmente terminar o remédio de Ruri!
Ruri revela a origem do nome da vila e Senku descobre o destino de seu pai!
Byakuya e a história dos astronautas continuam, e a conexão de Senku com a Vila Ishigami e os Cem Contos é finalmente revelada.
O exército de Tsukasa está chegando! Kinro luta para manter a ponte contra o lanceiro mortal Hyoga e suas tropas de choque, mas Senku e os moradores estão prontos com novas armas da ciência!
Hyoga está desarmado, mas o reino da ciência ainda está em perigo - a vila de Ishigami está em chamas! E Tsukasa logo saberá que Senku ainda está vivo ... Como os moradores combaterão a invasão vindoura?
Tsukasa planeja um segundo ataque depois de alguns meses de preparação. Ele não faz ideia o que Senku e seu reino estão pensando, enquanto isso.
Com a roda d'água de Chrome e Kaseki terminada, a vila de Ishigami entra na era da eletricidade! Mas com os materiais primitivos disponíveis, Senku será capaz de criar um filamento capaz de suportar o calor intenso da operação de um tubo de vácuo?
Senku, Chrome e Magma se aventuram em uma caverna em busca de tungstênio, mas há um acidente suspeito que deixa Senku e Chrome presos no fundo de um poço! O que o Magma está fazendo ?!
Senku e o resto da vila começam a trabalhar na fabricação dos componentes para o telefone celular. É um trabalho árduo, mas todo mundo está animado!
Senku e o resto do reino descobrem um misterioso disco deixado pelo pai do Senku e os outros astronautas. Eles usam sua recém-encontrada tecnologia para dar vida a ele.
